Eugenio María de Hostos estudió sus primeras letras en San Juan, Puerto Rico. En 1852, su familia lo envió y lo a Bilbao, España, donde se gradúa y completa su formación académica. Luego de graduarse, se matricula en la Universidad Central de Madrid. Allí estudió Derecho, Filosofía y Letras. Pronto comenzó a interesarse en la política, tomando partido decidido a favor de constituir en España una república federal. En el 1863, publicó la novela política titulada La peregrinación de Bayoán para hacer entender en España la penosa situación colonial de Cuba y Puerto Rico. Junto a un grupo de puertorriqueños defendió a los que estuvieron envueltos en la revolución del Grito de Lares liderada por el hacendado venezolano Manuel Rojas en 1868. En Madrid se reunieron con el General Francisco Serrano, Presidente y Jefe del Gobierno Provisional de España y pidieron un perdón para los prisioneros, y la suspensión de la pena de muerte impuesta a los prisioneros políticos que participaron en la gesta de Lares. Serrano les dijo que una amnistía seria solamente para los nativos de Puerto Rico y no para los extranjeros. Hostos argumento que Manuel Rojas era un digno hijo adoptivo de Puerto Rico, y que merecía el mismo derecho que los demás. El nuevo gobierno republicano de España le concedió una amnistía general a todos los encarcelados por ese motivo no obstante, Manuel Rojas, al igual que otros compañeros, fue mandado al exilio. Cuando España adopta su nueva constitución en 1869 y se rehúsa a extenderle a Puerto Rico y a Cuba los derechos ciudadanos propios de una república federada, Hostos abandona España y viaja a Nueva York, Estados Unidos, para integrarse a la lucha armada que organiza la emigración por la independencia de ambas Antillas. Cuando observa que en el liderato independentista de la emigración predomina el anexionismo a los Estados Unidos, Hostos emprende su viaje a Suramérica para buscar apoyo a la causa de la libertad antillana. En su periplo visitó Venezuela, Colombia, Panamá, Perú, Chile, Argentina y Brasil. En Caracas contrae matrimonio con la dama cubana Belinda Otilia de Ayala Quintana (1862-1917). La pareja procrearía cinco hijos. En Colombia logra la aprobación por el congreso de una ley en beneficio de la emigración cubana. En Panamá propone la creación de un canal neutral pero latinoamericano, y libre de las pretensiones de dominio imperialistas. Vivió algunos meses en Perú, país en que publicaba fervorosamente, especialmente en el periódico La Patria. Sus ensayos limeños son importantes documentos protosociológicos en que propone el mestizaje. Su modelo es el cholo quien recuerda al jíbaro. Con el peruano Joaquín Capelo fundó la sociedad Amantes del Saber para fomentar un ambiente intelectual en la capital peruana. En Chile pronunció las célebres conferencias sobre la educación científica de la mujer y el derecho de ésta a la educación plena y la igualdad de derecho. En Argentina proyecta la creación de un mercado común suramericano y el ferrocarril trasandino que se construyó de hecho más tarde.
Hostos junto a sus alumnos de la Escuela normal en 1880.
Residió en la República Dominicana y en Chile donde implantó una nueva pedagogía dirigida a formar seres humanos completos capaces de construir en nuestros países sociedades libres. Hostos fundó la Sociología latinoamericana. Se aplicó desde la adolescencia a un continuo auto-examen de su conciencia y sus pasiones del que son frutos sus notables diarios y sus novelas de juventud. Además, su Tratado moral, del cual forma parte su conocida «Moral social», lo señalan como el moralista de mayor altura en el siglo XIX. Fue profesor de la Escuela de Derecho de la Universidad de Chile y el primer rector del Liceo Miguel Luis Amunátegui.
El reinicio de la guerra por la independencia que inició José Martí en Cuba en el 1895 coloca a Hostos nuevamente en campaña. Volvió a Puerto Rico en 1898, a propósito de la Guerra Hispano-Estadounidense. Participó activamente, junto a Henna y Manuel Zeno Gandía, en la Comisión de Puerto Rico que ventiló ante el Presidente William McKinley, sus secretarios y el Congreso federal los intereses y necesidades de Puerto Rico. Fundó además la Liga de Patriotas con la esperanza de educar al pueblo puertorriqueño sobre sus nuevos derechos bajo la Constitución federal norteamericana, particularmente el derecho a reclamar un plebiscito. Pero su esperanza de un Puerto Rico independiente se esfumó cuando el gobierno estadounidense decidió, con la ley Foraker de 1900, convertir la isla en una colonia.